El campeonato finalizó en el mes de mayo por la realización del Mundial 1994. El Rojo acabó teniendo tanto el mejor ataque del campeonato como la mejor defensa, con 32 goles a favor y sólo 13 en contra respectivamente. El difícil River Plate de Enzo Francescoli comenzó triunfando 0-2 en Avellaneda pero el Rojo alcanzó el empate con goles de Javier Mazzoni, y luego se dio el lujo de eliminar a River en el Estadio Monumental en la definición por penales, donde relució el arquero Faryd Mondragón, que ya había tapado un penal en octavos contra Santos. En la segunda edición del certamen que reunía a todos los campeones de la Copa Libertadores, Independiente eliminó consecutivamente al Santos de Brasil, a un Atlético Nacional que venía de ganar la Libertadores y en semifinales a Argentinos Juniors. El buen nivel demostrado continuó en la fase semifinal de grupos, donde compartió grupo con Nacional de Montevideo y la Universidad Católica de Chile, alcanzó nuevamente la final de la Copa Libertadores ganándole a Nacional en su última fecha. En segunda fase terminó abajo de Peñarol y River Plate.
Superó la fase de grupos posicionándose primero luego de vencer en la anteúltima fecha al Club Olimpia de Paraguay, en un grupo también conformado por Estudiantes y Sportivo Luqueño. En la edición de 1985 debutó en la segunda fase como campeón defensor. En la final tuvo que medirse frente a Grêmio, el campeón defensor. Luego se superó al Deportivo Alavés en cuartos, y en semifinales el Real Valladolid puso contra las cuerdas a los valencianistas igualando la eliminatoria en la vuelta, pero un gol de Darío Felman lograba a diez minutos del final meter al Valencia en una final de Copa a la que no se llegaba desde 1972. El rival en la final fue el recién campeón de liga, el Real Madrid, el 30 de junio de 1979 en el estadio Vicente Calderón y la ilusión valencianista fue máxima. Los Rojos se coronaron campeones de Primera en 1989. Ese torneo contó por única vez con una regla muy particular en la que se jugaban un punto adicional los partidos que terminaban empatados, que se definían por penales. La primera vuelta del campeonato 1980/81 el equipo iba segundo en la clasificación y todo hacía presagiar una gran temporada, sobre todo tras haber conquistado la Supercopa de Europa en diciembre, pero una malísima racha de resultados en la segunda vuelta hicieron al equipo caer hasta el sexto puesto.
La Copa Intercontinental 1984 se jugó en un bravo contexto político; se enfrentó al Liverpool Football Club inglés en una final dos años después de la caída de Argentina ante Gran Bretaña en la Guerra de Malvinas, uno de los episodios más tristes de la historia argentina. Vine con 15 años y me fui hecho un hombre. Un hombre que jugó los 19 años de su carrera profesional en Independiente, desde 1972 hasta 1991, ganando 8 títulos internacionales y 4 campeonatos argentinos. Después de ocho años sin ganar títulos, Independiente se coronó campeón del Torneo Apertura 2002 luego de haber pelado durante todo el certamen con Boca. Independiente peleó mano a mano el Torneo Clausura con Vélez Sarsfield, con quién tuvo que enfrentarse recién en la última fecha. Independiente ganó el Torneo Clausura bajo la dirección técnica de Miguel Ángel Brindisi luego de golear en la última fecha a Huracán por 4-0, quien venía siendo el puntero del campeonato.
El Rey de Copas comenzó el siglo XXI con buen pie, finalizando como subcampeón del Clausura 2000, siendo Bruno Marioni el segundo goleador del torneo con 13 goles. Esto influyó muy negativamente ya que el Rojo perdió casi todo su poder ofensivo y anotó sólo 14 goles en los 19 partidos del Torneo Clausura 2002, por lo cual Independiente por primera vez terminó en el último lugar (20º) y, también por primera vez, sufrió el riesgo del descenso; terminó a sólo 2 puntos de la zona de promoción (repechaje). Como ganador de la liguilla pre-Libertadores entró a la Copa Libertadores 1987 donde superó su grupo de la primera fase, que incluía a Rosario Central, Deportivo Táchira y Estudiantes de Mérida. El récord de 7 títulos en la Copa Libertadores permanece aún hoy en manos del Rojo. El Rojo aprovechó la gira y jugó amistosos con Urawa Red Diamonds y Sanfrecce Hiroshima.
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