Luego, en 1948, con la creación del Fútbol Profesional Colombiano, atletico de madrid camiseta Atlético Municipal jugó su primer partido profesional en el hipódromo-estadio San Fernando de Itagüí hasta 1952 cuando dejó de jugar allí. El Bayern se negó a jugar la Copa Intercontinental contra el Club Atlético Independiente de Avellaneda. En la temporada 1975/76, el conjunto colchonero se adjudicó su quinta Copa del Generalísimo, tras vencer al Real Zaragoza por 1-0 en la final con gol de Gárate.
