El Atlético Villa de Madrid surgió en 1989 tras la consolidación un año antes de la Liga Nacional de Fútbol, el primer campeonato de liga de España. El 15 de septiembre estrenaron nueva Ciudad Deportiva en el municipio madrileño de Alcalá de Henares en la jornada 2 de liga frente al Sevilla. Empezaron la temporada 2019-20 con la baja de Jennifer Hermoso que fichó por el Barcelona, además de la salida de varias jugadoras suplentes en busca de minutos.