En el torneo Apertura 2006 Jaguares culmina 10.º, y disputa el repechaje contra Toluca por uno de los últimos 2 boletos a la liguilla. Tras tres torneos sin calificar, Jaguares de Chiapas disputa por tercera vez los cuartos de final en el Clausura 2008, esta vez contra Cruz Azul. Su máximo hito deportivo fue lograr jugar la Liguilla del ascenso a la Primera División en la temporada 1999. Su última actuación en campeonatos organizados por la Asociación Uruguaya de Fútbol fue en el torneo de Segunda División Profesional de 2000. A fines de ese año, se fusiona con Villa Teresa (y más tarde con Huracán del Paso de la Arena) dando origen a Alianza Fútbol Club.
