En 2003, Juan José Peláez retornó a la dirección en la que estuvo por dos años y medio y dejó dos subtítulos de Colombia, luego de irse en diciembre de 2004, su asistente técnico, Santiago Escobar -hermano de Andrés Escobar- continuó con el proceso y obtuvo el campeonato en el Apertura 2005. Más tarde, en 2007, el colombo-argentino Oscar Héctor Quintabani obtuvo el bicampeonato, Quintabani estuvo en Nacional entre 2006 y 2008. En 2011, Santiago Escobar retornó para dirigir al equipo luego de cuatro años de malos resultados y logró ganar el Apertura 2011 con su asistente técnico Juan Jairo Galeano también exjugador de Nacional.
