El título de campeón de Primera le dio la clasificación a la Libertadores. La clasificación corrió riesgo en cuartos cuando perdió con Atlético Nacional en el estadio Atanasio Girardot pero jugando en casa lo dio vuelta con dos goles de Gustavo López y avanzó a semifinales. Necesitaba vencer en el estadio José Amalfitani para empatar al equipo del Fortín en puntos y forzar un partido desempate, pero los equipos empataron sin goles y el Rojo salió segundo. El récord de 7 títulos en la Copa Libertadores permanece aún hoy en manos del Rojo. El buen nivel demostrado continuó en la fase semifinal de grupos, donde compartió grupo con Nacional de Montevideo y la Universidad Católica de Chile, alcanzó nuevamente la final de la Copa Libertadores ganándole a Nacional en su última fecha. En la segunda edición del certamen que reunía a todos los campeones de la Copa Libertadores, Independiente eliminó consecutivamente al Santos de Brasil, a un Atlético Nacional que venía de ganar la Libertadores y en semifinales a Argentinos Juniors.
En la última fecha se jugó en Avellaneda el acceso a la final contra Argentinos Juniors y perdió por 1-2 con el Bicho, la sorpresa del torneo. El 16 de mayo convirtió un doblete en la final de la Liga Europa ante el Olympique de Marsella (0-3) y fue el mejor jugador del partido. En el segundo semestre los rojos vivieron un memorable 3-1 a Newell’s Old Boys por el Torneo Apertura 1993, encuentro que significó el regreso de Diego Maradona al fútbol argentino vistiendo la camiseta rojinegra, luego de su paso por Europa. No disputar competición europea y seguir sin patrocinador en la camiseta forzaba a abaratar el gasto en la plantilla, por ello se vendió a André Gomes y Mustafi, y a finales de verano a Paco Alcácer que pidió ser traspasado al Barcelona. En Europa se consolidan los clubes con mayores presupuestos, fundados en su mayoría a finales del s.
Atlético a ganar la Liga Europa de la UEFA 2017-18, anotando dos goles en la final. A su vez alcanzó los cuartos de final de la Copa Mercosur 2001, quedando afuera con el Flamengo. Hacia el minuto 25 los Bichos Colorados iban ganando 0-2, y aunque antes del final del primer tiempo logró descontar José Percudani, esta vez fue Independiente el que no pudo alcanzar el empate y quedó afuera de la copa, tirando abajo la chance de llegar rápidamente al octavo título. Al final del partido, el árbitro compensa el tiempo total en minutos que se suspendió el juego en diferentes momentos. El 3 de mayo, en las semifinales de la competición, marcó el gol decisivo contra el Bayern de Múnich en el partido de vuelta en el Allianz Arena para enviar el Atlético a la final. Se enfrentó a Crusaders FC, Steaua Bucarest y fue eliminado por el Bayern de Múnich en los cuartos de final. En octavos de final trituró al Pepeganga Margarita venezolano con un global de 9-0. La paliza de 6-0 en Venezuela es la mayor goleada de Independiente en otro país y en copas internacionales. Su plan resultó exitoso, ya que aunque el club inglés tuvo el mayor porcentaje de posesión de balón, no consiguió anotar.